預防幽門螺桿菌主要是切斷傳播途徑，即糞-口和口-口傳播途徑，建議家庭成員盡量分餐，不共用餐具、牙具等；應盡量避免咀嚼食物后再喂小孩的壞習慣；同時，做好手衛生，勤洗手。
一旦感染，幽門螺桿菌可持續存在，且有可能會引起胃十二指腸疾病。如果孩子感染了幽門螺桿菌：
有慢性胃炎或消化性潰瘍癥狀，如反復上腹痛，伴有惡心，嘔吐，則建議治療，并建議行胃鏡檢查評估胃十二指腸病變。
沒有癥狀，需要與家長溝通治療的利弊。如果不治療有可能引起胃十二指腸疾病，治療則可能存在抗生素治療的不良反應，根除失敗便需要多次反復根除治療等；可以選擇發現當時治療，也可以在更大年齡后治療。
