1、 消化系統不良反應：
常見，表現：惡心、嘔吐、腹脹、腹瀉等（蛋白酶抑制劑如克立芝、DRV、核苷類抗病毒藥如：去羥肌苷和齊多夫定）。治療后的頭2個月內，但大多數并不嚴重，對癥處理。如與食物同服，可減少某些消化系統不良反應。
2、 骨髓抑制：
由齊多夫定引起，表現：貧血和/或粒細胞減少。貧血發生率1～4%，粒細胞減少2~5%。基線CD4低的患者容易發生。Hb或Hct較基線水平下降 >25%，則停用AZT。如果粒細胞計數低于750，可考慮停用AZT 。（AZT換成TDF) 。嚴重者：住院（輸血、應用EPO、GSF）。
3、 皮疹：
皮疹主要由NVP、EFV引起，發生率15%，一般發生在治療后的頭3個月內。EFV也可導致皮疹，但較少見。皮疹的分級：1／2級輕或中度 （紅斑、 搔癢、 彌漫性斑丘疹、 干性脫屑 ）；3／4級重度或可能危及生命 （起皰、 濕性脫屑、 潰瘍、 粘膜受累、 疑似S-J綜合征、 毒性上皮壞死溶解、 多形性紅斑、 壞疽、 脫落性皮炎 ）。在NVP導入期出現輕、中度（1或2級）皮疹，應延長導入期直到皮疹改善。在NVP導入期后出現輕中度（1或2級）皮疹，繼續抗病毒并同時予以抗組胺藥。如果中重度皮疹伴有發熱，應進行肝功檢測、住院治療。任何階段出現3或4級皮疹，應停止所有抗病毒治療藥物。(NVP/EFV換成LPV/r)。
4、 肝臟毒性：
較常見、輕重不一。轉氨酶升高到 肝壞死。前者發生率8～15%， 可由任何PIs和NNRTIs引起。后者發生率1～2%，主要由NVP引起。NVP引起的肝壞死多發生于NVP治療后的6～18周內。起病突然，流感樣表現，發熱、皮疹、胃腸道癥狀、嗜酸粒細胞升高。肝壞死多發生于CD4高的患者（CD4>250的女性發生率11%，CD4>400的男性發生率6%）。含NVP治療方案的最初4個月內，ALT或AST>200，停止抗病毒治療。ALT恢復正常并且癥狀消失后，開始HAART可含有EFV的抗病毒治療方案，但最好LPV/r。進行了較長時間抗病毒治療并且合并HBV或HCV感染，出現ALT >200，可以繼續抗病毒治療，但密切監測ALT和肝炎癥狀的變化，每10~14天進行一次監測。任何ALT > 400的病人，或出現了黃疸、瘀點、瘀斑、出血、撲翼樣震顫等，應立即停止所有抗病毒治療，住院并對癥處理。
5、 超敏反應：
阿巴卡韋（ABC）引起，發生率6～7%.(I類MHC-HLA-B*5701基因陽性)。發生時間：中位數--服藥后第9天，90%在頭6周內。表現：高熱、彌漫皮疹、惡心、頭痛、腹瀉、關節痛、喉炎、呼吸困難、肝功異常。處理：立即停藥、住院，不可再用，支持治療，激素和抗組胺藥效果差，多數癥狀在停藥48小時后消失。
6、 周圍神經炎：
主要由ddI和d4T引起（目前已經不使用該藥組合）。常出現在治療3個月后，發生率10～30%。周圍神經炎也可由HIV本身或其它病毒引起，特別是CD4計數較低的病人。輕度或中度病人，仍可繼續抗病毒治療，加用復合維生素B、對癥處理。如果出現重度癥狀，應停止d4T、ddI并改用其他NRTI藥物。
7、 乳酸酸中毒：
乳酸酸中毒少見，但可致命，可由任何NRTI引起，由藥物的線粒體毒性導致。研究表明引起線粒體毒性的藥物次序為：d4T+ddI、d4T、ddI、AZT。表現：疲憊、惡心、嘔吐、腹痛、肌肉痛和體重減輕，晚期常有呼吸急促和氣短。血乳酸水平與預后相關：0~2mmol/L正常，5~10mmol/L死亡率7%，10~15mmol/L死亡率超過30%，>15mmol/L死亡率超過60%。乳酸酸中毒的危險因素包括:（1）妊娠（2）ddI+d4T合用（3）同時使用二甲雙胍（4）酗酒。判斷標準：血清乳酸升高和血PH值下降。在癥狀出現后也可計算陰離子間隙（AG） ，AG = （Na+）–（Cl- + HCO3-）。如果AG>12，應立即對病人進行評估，可考慮停止所有抗病毒治療藥物。如果 AG> 16，應立即停止抗病毒治療。治療措施：補液、補堿、大量VitB1、B2、左旋肉毒堿、輔酶Q、VitC、抗氧化劑。完全臨床恢復需要4~28周。待病人完全恢復后，再重新開始抗病毒治療。治療方案可包括加強的PIs加NNRTI，還可以包括TDF或ABC。目前“d4T+ddI、d4T、ddI、AZT”的組合極少使用，上述不良反應已經極少看見。
8、 胰腺炎：
不常見，但可能非常嚴重。發生率ddI + d4T>ddI>d4T。出現嚴重上腹痛、惡心和嘔吐，必須檢測血淀粉酶，B超、CT或MRI等影像學方法輔助診斷。如果確診胰腺炎，停止所有抗病毒藥物。當病人臨床癥狀消失并且血淀粉酶正常后，恢復抗病毒，但不能再用 ddI、d4T。目前“d4T+ddI、d4T、ddI”組合基本停用。
9、 代謝綜合征：
包括2部分：脂肪沉積和脂肪萎縮，前者多由蛋白酶抑制劑引起，后者多由NRTI 引起。發生率20~80%。臨床特點包括向心性肥胖、四肢消瘦，周圍組織脂肪消耗、臉頰皮下脂肪缺失。通常還有高血糖和高血脂、高血壓。通常在治療的數月或幾年后出現。診斷：1）、病人感覺2）、系列照片3）、腰圍/臀圍比例：女性>0.85，男性>0.95。4）、B超、CT、MRI 。治療：1）、低脂飲食、有氧運動：對脂肪沉積有益，但加重脂肪萎縮。2）、 生長激素：對脂肪沉積有益。3）、二甲雙胍：對脂肪沉積和RI抵抗有益。4）、整形手術。5）、換藥：PIs換為NNRTI。d4T換為ABC、TDF、AZT，可有部分效果。
10、 腎結石：
由茚地那韋（IDV）引起。癥狀：腹痛、血尿，尿檢可見紅細胞。發生率5～35%，與IDV峰濃度有關。預防：每天飲水1.5升以上。處理：停用IDV。目前已停用該藥。
11、 CNS不良反應：
主要由依非韋侖（施多寧，EFV）引起，發生率>50%，從第一次吃藥就開始。表現：惡夢、多夢、栩栩如生的夢、注意力不集中、頭暈、失眠等。一般2～3周即可消失，嚴重者可以換藥。新藥中整合酶DTG、RAL也有發生，但少見。
12、 骨壞死、骨質疏松、骨質減少：
骨壞死機理不明，為非血管性壞死。 主要是TDF引起。發生率是普通人群100倍。主要發生于股骨頭。 危險因素：女性、應用糖皮質激素、應用降血脂藥、應用睪酮、酗酒、高凝狀態。診斷：DEXA（雙能X線吸收儀）測量骨密度、X線、MRI。治療：1）、補充鈣、VitD ；2）、二磷酸鹽；3）、減輕負重、扶拐等；4）、手術。
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